Maria Mälksoo kaitses oktoobris 2007 oma doktoritöö Poola ja Balti riikide Külma sõja järgsest eurooplaseks saamise poliitikast Cambridge’i Ülikooli Rahvusvaheliste Suhete Keskuses, kus ta 2003. aastal ka magistrikraadi omandas. Maria on õppinud sotsioloogiat ja politoloogiat Tartu Ülikoolis ja Montana Ülikoolis USAs. Varem on ta töötanud Kaitseministeeriumi poliitika planeerimise osakonnas ning õpetanud Tartu Ülikoolis, EBSis ja Cambridge’i Ülikoolis. Oma uurimistöö tulemusi on Maria avaldanud ajakirjades Akadeemia, Diplomaatia, Trames: Journal of Humanities and Social Sciences, Cambridge Review of International Affairs ja Security Dialogue.

RKKs töötas Maria projektiga, mille eesmärgiks oli analüüsida NATO uut strateegilist kontseptsiooni ja Eesti võimalikku panust sellesse. Tema laiemateks uurimisvaldkondadeks olid “uue Euroopa” roll terrorismivastases sõjas, transatlantilised suhted ja Euroopa mälupoliitikad. Maria jätkas ka kriitilise julgeolekupoliitika õpetamist Tartu Ülikooli politoloogia osakonnas.